Hallo Mirko,
bei deinen Symptomen musste ich auch sofort ans chronische Erschöpfungssyndrom (CFS) denken. Wie du geschrieben hast, ist diese Erkenntnis vielleicht nicht unmittelbar hilfreich, aber vielleicht kannst du über deinen Hausarzt oder die Uniklinik ja einen Arzt finden, der sich darauf spezialisiert hat oder zumindest Erfahrungswerte hat. 
Das Thema Burn-out / Übertraining würde ich auch nicht ausschließen. Du schreibst, dass du dich im Allgemeinen sehr glücklich fühlst und dein Leben prima läuft, aber das ist meiner Meinung nach kein wirkliches Argument gegen einen Burn-out. Manche Menschen arbeiten sich in einen Burn-out, weil sie einfach zu viel arbeiten, das tun sie i. d. R. nicht in einem Beruf, der sie gar nicht erfüllt oder ihnen keinen Spaß macht. Andere arbeiten praktisch überhaupt nicht, sind aber auf anderen Ebenen sehr hart zu sich selbst. Man kann sich auch einfach durch zu viele aktive Tätigkeiten überfordern, selbst wenn du alles was du tust als erfüllend empfindest, Beruf, Kinder, Sport, am Ende ist es vielleicht trotzdem einfach zu viel Tun und zu wenig Leerlauf. Gerade das du schreibst, dass du eigentlich gerne etwas mehr Zeit für dich gehabt hättest, deutet - aus der Ferne - ein klein wenig in diese Richtung.
Solche Sachen wie Vitamin D Mangel müssten meiner unmaßgeblichen, nichtärtzlichen Meinung nach, schon sehr schwerwiegend sein, um so drastische Erschöpfung hervorzurufen. Wir reden ja nicht über etwas Antriebslosigkeit. Und sie müssten spätestens in einer detaillierten Untersuchung auffallen. 
Eins noch zu einer möglichen Covid-Erkrankung: Im Internet findet man Bilder von Post-Covid Lungen, die schlimmer aussehen als nach 40 Jahren rauchen. Vielleicht kannst du mal einen CT oder MRT machen lassen?
Ansonsten bleibt noch, dir gute Besserung zu wünschen 
