Ferndiagnosen sind ja immer schwierig. 
Warst du schon mal beim Orthopäden? Hast du schon mal ein Bikefitting gemacht oder einfach nur andere Cleatpositionen, Sitzpositionen, etc probiert? 
Habe selbst Einlagen gehabt beim Laufen, aufgrund leichter Pronation. (Mittlerweile aber brauch ich die nicht mehr)
Vielleicht bringt auch ein anderes System etwas, also mal Speedplay probieren oder ein anderes.
Eine Zeit lang ist mir auf längeren Touren der linke Fuß eingeschlafen. Habe dann bisschen rumprobiert, v.a. Sattelposition. Resultat war bessere Durchblutung und kein Einschlafen mehr.
Wie gesagt, Orthopäde, Bikefitter aber vor allem selbst einige Einstellungen testen, bzw andere Radschuhe. Der Teufel steckt ja meist im Detail, daher würde ich mich wundern, wenn du eine Pauschalantwort bekämst 
