Die Abweichungen in der Distanz(Geschwindigkeit) sind relativ einfach zu erklären. Angenommen, der aufgezeichnete GPS Track besteht aus drei Punkten wie im Bild. Man könnte nun einfach die Länge der direkten Verbindungen zwischen den Punkten addieren oder einen Kreis durch die drei Punkte legen und die Länge des Kreisbogens berechnen. Es ist leicht ersichtlich, dass der Kreisbogen etwas länger ist als die direkten Verbindungen.
Falls die jeweilige Software etwas ähnliches macht, könnte das die kleinen Abweichungen erklären, obwohl der GPS Track identisch ist.
Edit: Je mehr Wegpunkte gesetzt werden, je kürzer also das Aufzeichnungsintervall, desto geringer sollten die Abweichungen zwischen den verschiedenen Programmen ausfallen. Wer Lust hat kann das ja mal überprüfen.