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Ich hatte diese Probleme auch mal. Bei mir lag es daran, dass ich den Kopf unbewusst beim Atmen gehoben habe, anstatt ihn einfach seitlich aus dem Wasser zu drehen. Dadurch hat sich dann der Nacken total verspannt und Kopfschmerzen ausgelöst.
Probier einfach mal, ob du das Problem mit ein bißchen mehr Körperdrehung in den Griff bekommst.

Grüße