Nabend!
Ob deine Schmerzen trainingsbedingt sind oder andere Ursachen haben, wird dir leider im Forum per Ferndiagnose niemand beantworten können. Alles was ich dir dazu sagen kann ist folgendes:
Hartes Training beansprucht die Muskulatur. Daher sind Beschwerden wie Muskelkater Probleme, die typischer Weise in Folge von anstrengenden Einheiten auftreten. Probleme wie Gelenkschmerzen oder Verletzungen sollten während oder nach dem Training nicht auftreten und mit solchen Beschwerden solltest du auch nicht weiter trainieren! In diesem Sinne, Frage dich einfach "was habe ich mit welcher Intensität trainiert? fühle ich mich erschöpft oder habe ich ernsthafte Probleme?"
Zum Training kann ich nur sagen: Wir haben September und damit Herbstanfang. Grundlagenausdauer ist der Schlüssel beim radeln. Beim Laufen gilt gleiches, besonders wenn du hier eh anfällig bist. Mach lieber langsam und trainiere so, dass du Spaß hast. Beim Schwimmen würde ich den Schwerpunkt in Richtung Technik verschieben, aber da scheinst du ja fit zu sein

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Beste Grüße!